Vinogradski registar uspostavljen je kao službena evidencija vinogradarskih površina, nositelja proizvodnje grožđa i vina te pripadajućih proizvodnih kapaciteta, utemeljena na odredbama Zakona o vinu i Pravilnika o registrima. Registar se vodi i održava u okviru Zavoda kao interni informacijski sustav, nije javno objavljen, a uvid u podatke omogućen je isključivo nadležnim tijelima i ovlaštenim subjektima, sukladno propisima o zaštiti osobnih podataka i povjerljivosti poslovnih informacija. Područje nadležnosti Federalnog agromediteranskog zavoda obuhvaća sva vinogradarska područja na prostoru Federacije Bosne i Hercegovine, pri čemu se podaci za Vinogradski registar prikupljaju, verificiraju i ažuriraju u suradnji s nadležnim federalnim ministarstvom, županijskim tijelima uprave te općinskim/gradskim službama.